Die efg-Wiedlisbach ist als Verein organisiert, dessen oberstes Organ die Mitgliederversammlung ist. Der Vorstand konstituiert sich aus dem Ältestenrat, der die strategische und geistliche Führung verantwortet. Die operative Führung liegt beim Mitarbeiterkreis, der aus verschiedenen Bereichsleitern und den Pastoren besteht. Älteste und Bereichsleiter werden jeweils für 4 Jahre gewählt und können danach wieder bestätigt werden.